根据《财政部、国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》财税〔2012〕39号以及《国家税务总局关于发布《出口货物劳务增值税和消费税管理办法》的公告》总局公告2012年24号规定，第八条第（一）项“进项税额已计算抵扣的增值税专用发票，不得在申报退（免）税时提供”。外贸企业应当单独核算出口货物，明确区分购进货物用于内销还是外销，分别进行抵扣和退税；若购进时不能确定内销或出口的，先计入出口库存账（不得进行抵扣，操作时勾选“用于出口退税”），后期确认转为内销，应按规定开具“出口转内销证明”后，在次月申报时，填写增值税申报表附表二“外贸企业进项税额抵扣证明”栏次进行抵扣（转内销证明已传递货劳处进行申报比对监控）；请及时提醒外贸企业操作时慎重勾选“用于进项抵扣”（确认用于内销的除外），系统在勾选之后，无法进行用途变更，也就是说勾选“进项抵扣”后无法再用于申请出口退税，（即使再做进项转出，出口退税审核系统也无相关发票信息）。

　　进项勾选与退税勾选都在这个平台上，因此在做出口退税发票勾选时，一定要选择“退税勾选”，在退税勾选模块中进行操作，千万别选错。

　　先进行勾选发票，根据实际情况，选择“发票退税勾选”或“退税批量勾选”，进入到勾选界面。输入筛选信息后，点击查询。在列出的发票清单中，选择需要勾选的发票，复核无误后，点击“提交”。这样，发票勾选就完成了。

　　接下来，选择“退税确认勾选”，您会发现，刚刚已经勾选的发票信息列在了待确认清单中，再次复核勾选的发票是否是需要办理出口退税的发票，确认无误后，点击“确认”。这样，退税勾选就完成了。

　　最后，选择“退税勾选统计”，查看退税勾选结果。建议打印退税发票统计表，与纸质发票抵扣联对应后保存，待办理出口退税业务。

　　注意：先票后单情况下取得的进货增值税专用发票，分以下三种情况：

　　（1）如果能够明确用于出口退税，一定要勾选“用于出口退税”

　　（2）如果不能明确判断是否用于出口退税，也请勾选“用于出口退税”；

　　（3）如果很明确用于内销货物，请勾选“进项抵扣”。

　　生产企业用于自产货物的进项增值税发票选择“进项抵扣”。购进视同自产货物用于出口，勾选“用于出口退税”。